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MIMIC IV 数据库安装过程记录

之前安装了MIMIC III数据库,而现在MIMIC IV数据库也已经可用了。新版本更新了整体结构,提供了更多数据。这里记录一下安装MIMIC IV的过程。

首先,拿到了mimic-iv-0.4.zip这个文件,大小是6.68 GB (7,177,596,150 bytes)。解压之后的目录结构如下:

mimic-iv-0.4
     ├─core
     ├─hosp
     └─icu

与MIMIC III相比较,新版本划分了模块,就版本中得数据分散到了三个模块的不同位置,所以应该要把三个模块全部安装。

获得代码

通过克隆或者下载zip的方式从github上下载代码。

git clone https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv.git

解压代码之后找到buildmimic/postgres/目录,可以看到里面的sql脚本。主要使用的是create.sql, load_gz.sql, index.sql这三个。

首先创建数据库和数据表

打开控制台窗口,在其中使用psql.exe程序运行sql脚本。

psql.exe  -f create.sql -U postgres

这样一来,数据库结构就创建好了。

接下来要导入数据

这里依然借助gz,gz已经被添加到PATH,所以直接使用即可。为什么不使用解压的csv?因为会爆内存啊。

psql.exe -v ON_ERROR_STOP=1 -v mimic_data_dir=mimic-iv-0.4 -f load_gz.sql -U postgres

接下来会像安装MIMIC III数据库的时候一样,是一个漫长的过程。

访问数据

安装完成后使用navicat或者dataGrid访问即可。按照本文描述的方式直接安装,数据库名为postgres,而不像MIMIC III叫做MIMIC。其中有三个模块,也就是core、hosp和icu模块。

讨论 MIMIC IV 数据库安装过程记录

  1. 头像 Sean说道:

    Hi

    请问可以分享一下MIMIC-III 和 MIMIC-IV 数据集吗,本人也是医学生,只不过申请一直没通过,偶然看到您的文章,如果可以的话,非常感谢!我的邮箱是:[email protected]

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